M.Ö. 3000'lerde Hititlerin egemenliği altında kurulan Derinkuyu, antik çağlardan günümüze kadar pek çok medeniyetin izlerini taşımaktadır.
Hititlerin ardından bölgeye egemen olan Asurlular, Frigyalılar, Persler ve Helenistik dönemde Kapadokya, önemli bir kültürel ve ticaret merkezi haline gelmiştir. Roma İmparatorluğu döneminde, Derinkuyu yer altı şehri, Hristiyanların Romalılar tarafından zulme uğraması ve savaşlardan kaçınma amacıyla kullanılmıştır. İlk Hristiyan toplulukları, bu yer altı şehirlerinde gizlenmiş ve ibadetlerini burada gerçekleştirmiştir.
Bizans döneminde, Kapadokya bölgesi önemli bir manastır merkezi haline gelmiş ve sayısız kilise ve manastır inşa edilmiştir. Derinkuyu da bu dönemde, sığınaklar, kiliseler ve yaşam alanları olarak kullanılmıştır. Ortaçağ boyunca bölge, Selçukluların ve Osmanlıların egemenliği altına girmiştir.
Osmanlı döneminde, Derinkuyu'nun önemi azalmış olsa da, yer altı şehirleri hala kullanılmış ve savunma amacıyla değerlendirilmiştir. Günümüzde, Derinkuyu ve Kapadokya bölgesi, turistik bir cazibe merkezi haline gelmiştir. Yer altı şehirleri, kaya kiliseleri, peri bacaları ve tarihi dokusuyla binlerce turisti ağırlamaktadır.
UNESCO Dünya Mirası Listesi'nde yer alan Kapadokya, dünya çapında tanınan bir kültürel ve doğal mirastır.
