20 yıl bu külliyede hizmet verdikten sonra 1987 yılında Nevşehir Kültür Merkezi içinde yer alan yeni binasına taşındı.
Müzede arkeolojik, etnoğrafik ve sikkelerin sergilendiği iki teşhir salonu bulunmaktadır. Arkeolojik teşhir salonunda; Neolitik, Kalkolitik, Tunç Çağları, Demir Devri eserleri, Arkaik, Helenistik, Roma, Bizans ve Mezopotamya’dan eserler ile çeşitli dönemlere ait bronz, gümüş ve altından yapılmış sikkeler sergilenmekte.
Prehistorik eserler, Gülşehir yakınlarındaki Civelek Mağarası’ndan ve Avanos’un Sarılar beldesindeki Zank Höyük’ten ele geçirilmiş. Civelek Mağarası buluntuları arasında pişmiş topraktan çömlekler, kâseler, ağırşaklar ve mutfak kapları önemli yer tutar. Zank Höyüğü eserleri ise 1992 yılında Nevşehir Müzesi tarafından yapılan kazılar sonucunda açığa çıkarılmış. Bu eserler arasında Suriye’den ithal edilmiş silindir mühür dikkat çekici. Orta Tunç Dönemi’ne ait pişmiş topraktan yapılmış geometrik motiflerle boyalı çeşitli formdaki kaplar Doğu Anadolu kökenli.
Etnografik teşhir salonunda ise Anadolu kültürünün bir parçası olan, Nevşehir ve yöresine ait folklorik eserler sergilenmekte.
